1966年4月18日至28日，峨眉山佛教协会在万年寺召开了第三届佛教徒代表大会。时间11天，应出席这次会议的代表76人，因事因病请假2人，实际到会74人。会议听取和审议了惟法副会长所作的《峨眉山佛教协会第二届理事会工作报告》；听取和讨论了中共峨眉县委统战部副部长张运鉴作的《关于当前国内外形势的报告》；讨论修改了《峨眉山佛教协会章程》；选举产生了峨眉山佛教协会第三届理事会会长、副会长、秘书长、副秘书长、常务理事和理事；通过了《峨眉山佛教协会第三届代表会议决议》。峨眉山佛教协会第三届理事会未设名誉会长，设会长1人，副会长2人，秘书长(兼)、副秘书长1人，常务理事11人，理事10人，共21人。
　　第三届理事会选出后的当年，全国就开展了“无产阶级文化大革命”。“文革”中，由于林彪、江青反革命集团的干扰破坏，峨眉山佛教受到了严重冲击。当“红卫兵”在峨眉山“破‘四旧’”以后，1968年8月1日，封闭峨眉山，停止接待香客、游人，禁止僧人过宗教生活。峨眉山佛教协会也被迫停止了活动，全山僧尼参加了“峨眉县毛泽东思想学习班佛教徒生产组”，从事农副业生产。组长镇道法师，副组长惟法法师、果靖法师，会计普全法师，出纳善行法师。
　　1978年，中国共产党十一届三中全会召开，同年9月，峨眉山对外开放；1979年恢复成立峨眉山佛教协会。